Sinopse

Quatorze anos após o Terceiro Impacto, a Terra é um deserto pós-apocalíptico, a civilização humana está em ruínas, e as pessoas Shinji Ikari sabe que são quase irreconhecíveis. Preso dentro da Unidade Evangelion-01, ele é recuperado do espaço por Asuka Langley Shikinami e Mari Illustrous Makinami, apenas para encontrar-se prisioneiro de Wille, uma facção militar liderada por seu antigo guardião Misato Katsuragi. Frio e amargo, seus antigos aliados o veem com suspeita e se recusam a apoiá-lo, quando ele chega a acordo com as consequências de suas ações. Um Shinji ferido e confuso é resgatado de WILLE por Rei Ayanami e retorna à sede do NERV. Lá, ele se encontra e rapidamente faz amizade com o enigmático Kaworu Nagisa, que lhe oferece calor e visão sobre o estado da guerra do Nerv com os Anjos. Mas o breve descanso de Shinji e Kaworu está na véspera de uma nova batalha, na qual Shinji descobre que seus inimigos não são mais anjos, mas ex-companheiros. Neste confronto amargo para determinar o futuro do mundo, Shinji aprenderá em primeira mão que o passado realmente não pode ser desfeito. [Escrito por MAL Reescrever]