Sinopse

Depois que o Líder X é aparentemente destruído para sempre no final de Gatchaman II, um fragmento dele que sobreviveu cresce e se transforma em Z. Com o chefe da família Egobossler, Conde Egobossler (e seus dois subordinados Mechandol e Kempler), Z está decidido a destruir a Terra, e a Equipe Ninja de Ciência, mais uma vez. Após a morte de Anderson, o Dr.Nambu tornou-se o novo chefe da ISO, enquanto a equipe está confinada à base subaquática de Gallatown (também conhecida como "G-Town"). Engenheiro Kamo é apresentado, e depois que o Novo GodPhoenix é destruído no início, a equipe recebe o novo Gatchaspartan como seu mecha. O Gatchaspartan também tem um modo especial, chamado Hypershoot, que só pode ser utilizado por Ken (com sua nova espada Gatchafencer). À medida que a série progride, aprende-se que a exposição à radiação pelo uso constante do Hypershoot está lentamente matando Ken, e que o uso contínuo significaria morte. Enquanto isso, Z planeja destruir a Terra com um asteroide antimatéria, codinome "Apple venenosa".