Sinopse

Apesar da destruição do mundo doméstico da mecanização, Andrômeda, o império da máquina ainda é varrido pela galáxia e a Terra se tornou um campo de batalha. Tendo retornado de sua jornada a bordo do trem Galaxy Express 999, Tetsurou Hoshino se junta à resistência e luta ao lado de outros que mantiveram sua humanidade. Quando o 999 volta à Terra, Tetsurou recebe uma mensagem enigmática gravada de seu ex-companheiro de viagem, Maetel, dizendo-lhe para embarcar no trem mais uma vez. Lutando até a estação de Megalópolis, ele entra no trem assim que ele sai. Desta vez, porém, Tetsurou encontra vários mistérios: Maetel não está em lugar nenhum, um sinistro "Ghost Train" apareceu, e o destino final do 999 é desconhecido. Em meio a tudo isso, Tetsurou se vê confrontado pelo misterioso cavaleiro negro Fausto e logo descobre o segredo mais sombrio do império da máquina. [Escrito por MAL Reescrever]